Baja por incapacidad temporal: quién paga y cómo se gestiona en la empresa

Cuando un trabajador cae enfermo o sufre un accidente, surgen enseguida las mismas preguntas: quién paga, cuánto se cobra y qué tiene que hacer la empresa. La baja por incapacidad temporal combina prestaciones de la Seguridad Social, obligaciones empresariales y plazos que no siempre se conocen bien.

En esta guía explicamos los tipos de baja, cómo se reparte el pago en cada tramo, cómo llega hoy el parte a la empresa y qué errores provocan después regularizaciones o reclamaciones.

¿Qué es la incapacidad temporal y qué tipos de baja existen?

Es la situación en la que una persona no puede trabajar durante un tiempo por enfermedad o accidente y recibe asistencia sanitaria. Hay dos grandes tipos: por contingencias comunes, que incluyen la enfermedad común y el accidente no laboral, y por contingencias profesionales, que son el accidente de trabajo y la enfermedad profesional. El tipo decide quién paga, desde cuándo y cuánto.

La baja tiene una duración máxima de 365 días, prorrogables otros 180 si se prevé la curación. Durante ese tiempo el contrato queda suspendido: el trabajador no presta servicios, la empresa reserva su puesto y la relación laboral continúa.

La Ley Orgánica 1/2023 añadió además situaciones especiales de incapacidad temporal: la menstruación incapacitante secundaria, la interrupción del embarazo y la gestación desde la semana 39. En ellas, la prestación la abona la Seguridad Social desde el primer día, sin coste para la empresa en esos primeros días.

¿Quién paga la baja por enfermedad común y cuánto se cobra?

Si el origen no es laboral, los tres primeros días no se cobran, salvo que el convenio lo mejore. Del cuarto al decimoquinto paga la empresa, a su cargo, el 60 % de la base reguladora. Desde el día 16 asume el pago la Seguridad Social o la mutua, y a partir del día 21 la prestación sube al 75 %.

Para cobrar por enfermedad común hay que haber cotizado al menos 180 días en los cinco años anteriores. La base reguladora es la base de cotización por contingencias comunes del mes anterior a la baja dividida entre los días de ese mes, o entre 30 si el salario es mensual.

Un ejemplo: con una base de 2.100 euros, la base reguladora diaria es de 70 euros. En una baja de 30 días, la empresa paga a su cargo del día 4 al 15, es decir, 12 días a 42 euros, que suman 504 euros; la Seguridad Social asume 5 días a 42 euros, 210 euros, y 10 días a 52,50 euros, 525 euros.

¿Qué cambia si la baja es por accidente de trabajo o enfermedad profesional?

Cuando el origen de la baja es laboral, la prestación sube al 75 % de la base reguladora desde el día siguiente a la baja y no se exige un periodo mínimo de cotización. El día del accidente lo paga la empresa como jornada completa, y la prestación corre a cargo de la mutua colaboradora o del INSS.

En estos casos, la base reguladora es más favorable: además de la base del mes anterior, incluye el promedio de las horas extraordinarias del año anterior. Por eso es tan importante calificar bien la contingencia desde el principio.

La empresa también debe comunicar el accidente a través del sistema Delt@: en un máximo de cinco días hábiles si hay baja médica y en 24 horas a la autoridad laboral si el accidente es grave, muy grave, mortal o afecta a varias personas. Los accidentes sin baja se incluyen en una relación mensual.

Si trabajador y mutua discrepan sobre si la baja es común o profesional, existe un procedimiento de determinación de la contingencia ante el INSS. Conviene no dejarlo pasar, porque la diferencia económica para el trabajador es importante.

¿Cómo llega la baja a la empresa y qué debe hacer con ella?

Desde el 1 de abril de 2023, el trabajador ya no entrega copia del parte a la empresa: el servicio público de salud o la mutua lo comunican al INSS, y este lo traslada a la empresa por vía telemática. La empresa, a su vez, debe enviar por el Sistema RED los datos adicionales que se le requieren en un plazo de tres días hábiles.

Este cambio lo introdujo el Real Decreto 1060/2022, que modificó la gestión de los partes. En la práctica, la empresa recibe la información a través del fichero que el INSS pone a su disposición y debe revisarlo a diario. En CM Asesoría Legal revisamos cada día las comunicaciones del INSS de nuestros clientes para no perder el plazo de tres días hábiles.

1. Consultar las comunicaciones de bajas, confirmaciones y altas que llegan del INSS.
2. Remitir por el Sistema RED los datos de cotización y de empresa que se solicitan, en tres días hábiles.
3. Reflejar en nómina los días a cargo de la empresa y el pago delegado.
4. Aplicar el complemento del convenio, si existe.
5. Controlar la fecha de alta: el trabajador debe reincorporarse al día siguiente.

Los partes de confirmación se emiten con una periodicidad que depende de la duración estimada de la baja, desde una semana en los procesos cortos hasta cinco semanas en los largos.

¿Qué obligaciones tiene la empresa durante la baja del trabajador?

Hasta el alta médica, la empresa mantiene la afiliación del trabajador, sigue cotizando por él, abona la prestación en régimen de pago delegado, aplica el complemento que fije el convenio y reserva su puesto. No puede presionarle para que vuelva antes del alta ni despedirle por estar enfermo, porque ese despido podría declararse nulo.

El pago delegado significa que la empresa adelanta en nómina la prestación que corresponde a la Seguridad Social y después se la descuenta en la liquidación de cuotas. No es un coste para ella, pero sí una obligación de gestión que exige precisión.

Muchos convenios obligan a complementar la prestación hasta el 100 % del salario durante un tiempo, y ese complemento sí corre a cargo de la empresa. El artículo 20.4 del Estatuto permite, además, verificar el estado de salud del trabajador mediante un reconocimiento médico; si este se niega, pueden suspenderse los derechos económicos a cargo del empresario.

El coste para las empresas es elevado: las mutuas registraron 8,7 millones de procesos de baja por contingencias comunes en 2024 [AMAT, 2025], y el coste directo para las empresas rondó los 14.100 millones de euros [AMAT, 2025]. Por su parte, el gasto de la Seguridad Social en esta prestación alcanzó 18.413 millones en 2025 [Seguridad Social, 2026].

¿Qué pasa con el contrato si la baja se alarga o termina?

La baja dura un máximo de 365 días, prorrogables otros 180 si se prevé la curación. Al agotarse, el INSS decide si procede el alta o una incapacidad permanente. Si un contrato temporal termina durante la baja, se extingue igualmente, y el trabajador sigue cobrando la prestación hasta el alta, aunque con otra cuantía.

En concreto, si la baja es por contingencias comunes, la Ley General de la Seguridad Social establece que, tras la extinción del contrato, el trabajador sigue percibiendo la prestación en una cuantía igual a la de desempleo hasta el alta, y después pasa a la situación de desempleo. La empresa debe liquidar el finiquito con normalidad; puedes ver cómo hacerlo en nuestra guía para calcular el finiquito paso a paso.

Si el trabajador no está de acuerdo con el alta emitida por el INSS, dispone de cuatro días naturales para iniciar el procedimiento de disconformidad. Y si recae por la misma enfermedad en los 180 días siguientes, la nueva baja se considera continuación de la anterior a efectos de duración.

¿Qué errores cometen las empresas al gestionar una baja?

Los errores más frecuentes son no enviar a tiempo los datos por el Sistema RED, calcular mal la base reguladora, confundir los días a cargo de la empresa con los de la Seguridad Social, olvidar el complemento del convenio y tratar como común una baja que es profesional. Cada error acaba en regularizaciones de cuotas o en reclamaciones.

• No revisar a diario las comunicaciones del INSS y descubrir la baja con retraso.
• Aplicar el 75 % desde el primer día en una enfermedad común, o el 60 % en un accidente de trabajo.
• Descontar el pago delegado de forma incorrecta en la liquidación de cuotas.
• No comunicar el accidente de trabajo en plazo.
• Plantear un despido durante la baja sin una causa sólida y documentada, algo que analizamos en nuestra guía sobre los tipos de despido en España.

«Una baja calificada como enfermedad común cuando en realidad es un accidente de trabajo perjudica al trabajador y descuadra las cuotas. Ante la duda, pide a la mutua o al INSS que determine la contingencia.»

— Equipo de CM Asesoría Legal

La mejor prevención es tener un protocolo interno sencillo: quién revisa las comunicaciones, quién las traslada a nóminas y qué se comprueba en cada paso.

Preguntas frecuentes

¿Se cobra la baja desde el primer día?

En la enfermedad común, no, salvo que el convenio lo mejore: la prestación empieza el cuarto día. En el accidente de trabajo y la enfermedad profesional se cobra desde el día siguiente a la baja, y el día del accidente lo paga la empresa íntegro.

¿Puede la empresa despedir a un trabajador de baja?

Solo si existe una causa real y ajena a la enfermedad, como un despido colectivo o un incumplimiento grave. Si el motivo es la propia enfermedad, el despido puede declararse nulo por discriminación.

¿Cuándo hay que volver al trabajo tras el alta?

Al día siguiente de la fecha del alta médica. No reincorporarse sin justificación puede considerarse una falta de asistencia sancionable.

¿Los autónomos cobran la baja por incapacidad temporal?

Sí, si cotizan por esta contingencia y cumplen los requisitos. En enfermedad común cobran el 60 % de su base desde el cuarto día y el 75 % desde el día 21, a través de su mutua.

Referencias

Asociación de Mutuas de Accidentes de Trabajo. (2025). Informe sobre la incapacidad temporal por contingencias comunes y el absentismo laboral, datos de 2024. AMAT.

Jefatura del Estado. (2023). Ley Orgánica 1/2023, de 28 de febrero, por la que se modifica la Ley Orgánica 2/2010, de 3 de marzo, de salud sexual y reproductiva y de la interrupción voluntaria del embarazo. Boletín Oficial del Estado, 51, de 1 de marzo de 2023.

Ministerio de Empleo y Seguridad Social. (2015). Real Decreto Legislativo 8/2015, de 30 de octubre, por el que se aprueba el texto refundido de la Ley General de la Seguridad Social. Boletín Oficial del Estado, 261, de 31 de octubre de 2015.

Ministerio de Inclusión, Seguridad Social y Migraciones. (2022). Real Decreto 1060/2022, de 27 de diciembre, por el que se modifica el Real Decreto 625/2014, de 18 de julio, por el que se regulan determinados aspectos de la gestión y control de los procesos por incapacidad temporal. Boletín Oficial del Estado.

Seguridad Social. (2026). Ejecución presupuestaria del sistema de la Seguridad Social, ejercicio 2025. Ministerio de Inclusión, Seguridad Social y Migraciones.

Una baja bien gestionada protege al trabajador y evita a la empresa regularizaciones, recargos y conflictos innecesarios. En CM Asesoría Legal nos encargamos de las comunicaciones con la Seguridad Social, calculamos el pago delegado y el complemento del convenio en nómina y te avisamos de cada plazo para que no tengas que estar pendiente del calendario.